La diferencia entre la inactivación de esporas y la de bacterias es la misma que existe entre la esterilización y la desinfección. Para que un agente químico sea clasificado como esterilizante, debe demostrarse que es eficaz para inactivar las esporas.

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Las esporas se encuentran entre los organismos más difíciles de matar y, por esta razón, los agentes esterilizantes se consideran los agentes descontaminantes más rigurosos y ofrecen una eliminación completa de toda la vida antimicrobiana.

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La desinfección, en cambio, no requiere la inactivación completa de las esporas o de toda la vida microbiana y normalmente se valida contra unas pocas especies de bacterias vegetativas. Por esta razón, los agentes desinfectantes son agentes descontaminantes menos rigurosos y no son tan eficaces como los agentes esterilizantes.

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"Las endosporas bacterianas son una de las formas de vida microbiana más persistentes y suelen requerir procedimientos de inactivación agresivos. Las bacterias vegetativas suelen ser mucho más fáciles de inactivar que las endosporas bacterianas. Esto se debe principalmente a que las zonas sensibles de las bacterias entran fácilmente en contacto con los agentes quimioesterilizantes. La espora, sin embargo, tiene una estructura más compleja que la célula bacteriana vegetativa. Su material sensible está contenido dentro de un núcleo y ese núcleo está rodeado por una corteza y capas de esporas. Estas capas tienden a actuar como una barrera de permeabilidad a la entrada de dióxido de cloro y otros compuestos" (Knapp, 2000).

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